Lembaga Pembinaan Khusus Anak Kelas 2 Tomohon di bangun pada tahun 1981 di atas tanah seluas 59.640 M2 dengan bangunan seluas 39.640 M2 dengan kapasitas 250 orang.
Melaksanakan amanat Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2012 tentang Sistem Peradilan Pidana Anak, Kementerian Hukum dan HAM telah menindaklanjuti dengan membentuk Lembaga Pembinaan Anak (LPKA) dan Lembaga Penempatan Anak Sementara (LPAS). Sehubungan dengan hal tersebut, dalam rangka operasionalisasi LPKA dan LPAS dilaksanakan Peresmian Operasionalisasi LPKA dan LPAS secara simbolis dilaksanakan tanggal 5 Agustus 2015 bertempat di LPKA Klas II Bandung oleh Menteri Hukum dan HAM R.I YASONNA H. LAOLY diikuti pelaksanaannya di seluruh Indonesia.